1945年9月上旬に、長崎原子爆弾に被爆した少年が、長崎市興善町の新興善国民学校に設置された特設救護病院に入所していた。臨時救護所となった新興善国民学校の床に敷かれた布団に被爆した少年は横たわり原爆症により衰弱していた。医療関係者が参集して、終戦直後の8月10日に、新興善救護病院となった。1945年8月から10月まで、長崎原子爆弾により被爆した数千人の被爆者を収容し加療した。
爆心地から約3kmの新興善国民学校の教室が、救護所の病室として使用された。鉄筋コンクリート３階建て、被爆で窓ガラスが割れて、熱線が壁を焦がす被害を伴ったが、倒壊や焼失は免れた。周辺地域は、長崎原子爆弾により発生した二次火災によって、広い範囲にわたり類焼して焼失していた。強固な鉄筋コンクリート建てで、被爆直後から救護所として活用された。教室は診察室や入院患者の病室、被爆者の生活の場として使用された。長崎原子爆弾が炸裂した翌日8月10日頃は、悲惨な救護所となり、まだ患者はほとんど全裸のままで、衣服はちぎれて、熱傷をうけた皮膚ははがれて真っ赤な肉芽が露出し、顔は男女の区別もつかず、次々に入院した被爆者は死亡した。手当てする医薬品、衛生材料もなく、港から海水を汲んできて、ドラム缶で煮沸し、寝ている患者にじょうろで散布した。
1945年10月には、長崎市坂本町で原爆で壊滅した長崎医科大学付属病院の仮施設となり、新興善国民学校に医科大学附属医院を開設して診療を開始した。1946年5月に新興善国民学校を医科大学附属第一医院として、元佐世保海軍病院諫早分院(諫早市)を医科大学第二医院として診療開始した。1950年に新興善小学校に外来診療を設置した。1958年6月に外来診療所を坂本町の本館に復帰した。戦後の新興善小学校は、1997年に統廃合で閉校した。市民の強い要望で一部が残され、救護所が再現された。
